El Fondo UNIANDES cuenta con una Junta Directiva compuesta por 5 miembros principales y 5 suplentes. Se elige anualmente por la Asamblea General de Asociados para un período de un año. La Junta Directiva es la instancia donde se definen los lineamientos y políticas para la operación del Fondo UNIANDES.

Por otra parte, el Fondo UNIANDES cuenta con un Comité de Control Social compuesto por 3 miembros principales y 3 suplentes. Se elige anualmente por la Asamblea para un período de un año. Este Comité es el garante del cumplimiento de la función social que le corresponde realizar al Fondo para sus asociados a través de los diferentes servicios que pone a su disposición.